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生物基因信息学相关的网站有哪些?比较权威好用的网站推荐

生物基因信息学相关的网站有哪些?比较权威好用的网站推荐。一起来看看都有哪些吧!

生物信息学高度依赖于网络。实际上,你需要的几乎所有资源,都可以从网上下到。你需要关注你研究领域所需要的那些,而不是全部的资源。

NCBI:持有INSDC的节点。网站上有核酸、蛋白、基因名、基因组名等等的搜索工具,以及BLAST序列比对搜索工具,PUBMED文献数据库,Taxonomy数据,COG蛋白家族库等等。FTP可以下到它全部的数据库,BLAST的单机程序,以及各种工具程序。

EBI:和NCBI类似,欧洲搞的对等物。感觉EBI网站比NCBI要清楚简洁。另外EBI网站整合了更多的工具,比如多序列比对。

Uniprot:全蛋白库。NCBI和EBI的蛋白库来源于此。目前包括两部分:SwissProt是人工校对过的,TrEMBL是自动校对的。

时时彩冷热号分析技巧-时时彩投注技巧大全-华人时时彩平台登录-领航时时彩软件Pfam:蛋白家族库。可以使用配套的HMMER进行搜索。比BLAST能找到更远缘的东西,而且找到的东西是结构域。

Rfam:RNA的,类似Pfam。

时时彩冷热号分析技巧-时时彩投注技巧大全-华人时时彩平台登录-领航时时彩软件RDP:16S rRNA库。除了序列,它还有一个基于K-mer naive Bayesian model的rdp classifier,可以对输入序列进行物种分类,效率和准确性较直接使用BLAST更高。

GreenGenes:也是16S库,不过它只收集比较全的序列。它提供了一个16S的标准化比对,并基于这个东西搞了个物种分类工具。

EMBOSS:一个工具包,提供了几百个进行序列操作的工具。

时时彩冷热号分析技巧-时时彩投注技巧大全-华人时时彩平台登录-领航时时彩软件BioPerl、BioPython:Perl和Python的生物学模块。

时时彩冷热号分析技巧-时时彩投注技巧大全-华人时时彩平台登录-领航时时彩软件R:类似matlab的语言,有一大堆的生物学包。

时时彩冷热号分析技巧-时时彩投注技巧大全-华人时时彩平台登录-领航时时彩软件SOAP:华大基因搞的高通量测序工具包,有de-novo拼接的,有mapping的,还有一些后续分析的。

bowtie:一个用于序列mapping的软件。

samtools:用于操纵、分析高通量序列mapping的结果。功能非常灵活,但有点复杂。

时时彩冷热号分析技巧-时时彩投注技巧大全-华人时时彩平台登录-领航时时彩软件fastx toolkit:用来操纵高通量测序序列的工具包。

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